かなり前に読んだのですが、オリヒロインがいる長編小説を探しています。
シンジ以外はエヴァの起動が困難なほどシンクロ率が低く、呼び出されたシンジは幼少期に無理やり乗せられており、その時に死にかているため乗るのを拒否していました。結局何回か乗りそのたびにシンクロが原因のダメージを負って入院していました。
何人かのハーレム状態になっていたような気もします。

大人たちは真剣で、使途戦後にゲンドウは非人道的なことをしていたことを世界に発表して法の裁きを待っていました
vから始まるタイトルだったような気がします。

よろしくお願いいたします。

終の棲家にある
Vulnerable heartですね。