ずいぶん昔に読んだ作品で記憶があいまいですが…

・EOE後からTV1話冒頭に相当する時期への逆行もの。

・逆行先でシンジ君にオリキャラの妹ができる。
　性別が違っているにも関わらず遺伝子は100%一致する、という設定。
　
・ミサト宅には住まない。シンジ君と逆行先のレイとオリキャラ妹と、
　確かユイさんも同居。

・逆行先のレイとは別にシンジ君と一緒に戻ってきたレイがいて、
　彼女はユイさんのかわりに初号機の中に入る。
　（確かそうだったと思うが自信なし）

以上、お心当たりのある方は情報お願いします。