シンジに何やかんやあって、綾波のクローンの素体に意識が移るような展開だったと思います。
かなり情報は少ないですが‥‥
ぜひとも宜しくお願いします。

ここのＸＸＸSS投稿掲示板にそんなのがある。

　今は消滅している「過去の残照」の『綾波姉妹』でしょうか。

　作品の説明を引用します。
　　本編１６話「死に至る病、そして」からの分岐物でシンジのＴＳものです。
　　　ディラックの海に取り込まれたシンジと初号機は使徒と共に消えてしまいます。
　　　所がダミープラントのレイの素体にシンジが…。

　アドレスは、「The Yellow Page of Web Novels」で探せます。