今でも更新があるサイトだと
ハーメルンの「D.C.Ⅱ.K.S 流離いの人形使い」が一応本編の時間軸より後ですね。
D.C.2とのクロスなのでご期待に添えるかはわかりませんが。
あとは文読む月日のクロスオーバーのところにも。
本格的なアフターストーリーはあまり見かけませんね。
古いものだと完結したものとしては
Eternal Mistの「Blue Sky Dream」（Kanonとのクロス）
D-sideの「AIR＆Kanon＆ONE＆MOON.＆クトゥルフ神話 SS」
Romantic Syndromeの「Folklore」
Memory Partにも長編AirSSがありましたけど確かアフターじゃなかったはず……。
DNMLに「Sky」という作品があり傑作らしいですが、自分の環境だとプレイできないので詳細不明です（DNMLまとめサイトにあり）
完結してないものは
神秘の島にある「Meｌodies Of Life」
新・佳励なる仮面劇場の「空の名前 --Il Nome del cielo-- 」
などが見つかりました。