タイトルが、日本語の神秘になってるような気がしますが・・・
万人受けはしないだろうけれど、個人的にはまった、もしくは、名作ではあるけれど、読む人は少ない、といった小説を薦めましょう。
ちなみに、物が物なので、内容はある程度書きましょう。

市販ＧＡ文庫の「お隣の魔法使い」
全体通してほのぼので、魔法使いが起こす奇行に、主人公が驚いたり、感動したりするハートフルな物語です。

これまた市販で、富士見ファンタジア文庫の「夕なぎの街」
明治（大正ぐらい？）の日本、その下町のような雰囲気で、錬金術師見習いの主人公？が、何故か居酒屋の店員をやっていたり、そこに、憲兵に追われた女が居着いたりしています。

HP名:ユウラのタロットルーム
カードの小部屋にある、カードにまつわるお話。
アルカナカードの『愚者』『皇帝』・・・等と言った、物を題材とした話があり、寓話をよく読む人にはお勧めです。

「投稿図書」にあるネギまSS『輝破〜Fang on to the Tooth〜』
が個人的にはお勧めです
ただオリキャラこそ出ないものの
大幅な独自設定や残酷、暴力表現が多数あるバトル物で
そもそもネギがまだ出てきていません
読み手を非常に限定する作品となっています

>ネギ
出てきてるよ、既に登場済み。

>ネギ
一応、別スレですし、この場合かまわないのではないでしょうか？
他のスレッドを見ていると、重複している物もそれなりにありますし。

と、これだけではまずいので紹介
市販電撃文庫の「夢界異邦人」
主人公は、他人の精神世界「夢界」に侵入できる能力を持った「夢界異邦人」。精神を煩ってしまった人を、「夢界」に侵入することで治療ししたり、自身の能力に苦悩したりしています。

本当は、ネット小説を紹介したかったんですが、狙いすぎて心が折れましたorz

ここのオリジナル掲示板にある「境界崩し」かな。
強烈な癖があって、文章技法その他にも問題が多く、
読みやすいとはとても言えない。
が、摩訶不思議な吸引力があって、読んでるうちに
頭クラクラしてくる。麻薬みたいな作品。

商業誌ではまず読めない、こんな作品が読めるのが
オンライン小説の醍醐味やね。

キモイＳＳの紹介スレはここですか

↑存在する価値がない人が何か言っていますね

煽る前に紹介すべし

という訳で『風牙亭』にあるｋｕｂｏっちさんの作品【甲鉄竜様がみてる？】と【不運な吸血鬼が異世界でため息】を紹介します

【甲鉄竜様がみてる？】はネギま！×灼眼のシャナのクロスオーバーですがシャナをよく知らない私でも楽しく読めました

【不運な吸血鬼が異世界でため息】はネギま！×　月姫のクロスオーバーで初めは文章に違和感等を覚えますが段々と上達して行きます

だが二つとも百合風味なのでご注意、だが個人的にはおすすめ

『くじういんぐ・ドットコム』での二次創作小説・ＳＳ試験にある、第９回　『ハッピーハッピーホーリーナイト』

Ｋａｎｏｎの多分舞ＥＤ後の短編名雪ＳＳです。ジャンルはダークとあり、勘の鋭い方なら内容を想像できると思いますが、少なくとも悲惨な話しではありません。
とても短い文章でせつなさを表現したＳＳとしては私は最高峰の１つだと思っています。

内容が悲しい話なので万人受けはしませんが、ＯＫという人には１度読んでもらいたいです。

ここのTYPE-MOON投稿掲示板にある｢Ｅｉｇｈｔ｣。
半オリキャラ･･･原作キャラで性格がかけ離れたキャラが多数出てくるため、原作の設定を重視する人にはおすすめ出来ない。
ただ、バトル物としてはかなりレベルが高いし、半オリキャラ達の過去や技なんかもよく考えられている。Fateをやったことがあって、ある程度設定改変が許容できる方はぜひ読んでみて欲しい。

｢夢うつつー｣の｢イノチ紡がれ世界は狂う｣
Kanonを主として色々とクロスしているふぁんたじ〜。
祐一が(ある分野で)最強で、他作品キャラとのカプ有り。設定も変わっていて栞が色んな意味でえらいことになっていたり、名雪がトラウマ持っていなかったり、祐一が過去に色々あったり。オリキャラも多数出ていたりもする(カプも有り)。
少なくともキャラ達が、性格が同じでも別の人生を歩んできた別人だと割り切れないと途中でやになると思う…これはファンタジーという別の世界観で話を広げる二次小説の宿命だけど。
あと祐一は同じ作品の特定のヒロインとしか絡むな、オリヒロインとのカプや、他作品の人間と絡むなんてもってのほか、って人もやめておいた方が無難。
個人的に続きが超楽しみな作品。この作品の祐一は強いけど、何もかも救えるような神様のような力は持っていない。その辺りの書き方がうまいと思う。

「ボったくりん」と言うサイト（閉鎖、閲覧only）にある、

「七瀬−三つの歯車」（作者：凍月さん）というＯＮＥの二次創作です。ちなみに瑞佳アフター。

リンクフリー
http://suraisa-web.hp.infoseek.co.jp/

「ゴミとロボとイジメの関係」にある「黄昏の花園と百合の妖精と」が最近みた作品の中ではかなり万人うけはしないけどおもしろい作品でした。
とりあえず百合要素満載です。でも主人公男です。
しかもロボットものであり、狂気がはいってます。
説明しずらい作品ですが、一読の価値はあります。

「ただ想像する」にある「赤き英霊へ至り、再び聖杯戦争へ」(Fate再構成)
隠れた名作だとおもいます。UBW後の士郎がアーチャーとして召喚されます。

風牙亭のイベントルームにある第一回内の
大戸島３５様氏の作品をお勧めします
・何も考えずに、明日へと走れ！
これはそのままですね。
ココネとの出会いをハイテンションで描いた作品です
美空は走る自由を目指しどこまでも

・長谷川千雨の分裂
題名からの想像と135°ほどぶっ飛んだ話ですね
千雨VSちうのハイテンション電脳ロボバトルです
この作品はJAMの曲が似合いそうといえば分かるでしょうか

どちらもテンションのままに突っ走れという作品です

http://www.k3.dion.ne.jp/~lock/

上記のサイトにある作品、全て推します…と、本音ですがそれだけではなんなので。
『Ｐｒｏｔｏ　Ｍｅｓｓｉａｈ！』シリーズ――――言峰士郎モノ、つまり設定改変。

Ｆａｔｅの二次ですが、王道からは程遠く、でも癖があって人によっては所謂「嵌まる」作品だと思います。

久々に読んで、何故この作品を紹介しなかった！？と、自ツッコミをいれたもの。

PUNPKINGの「パプルズ」シリーズ
月姫、MeltyBloodの二次創作で、空の境界とも多少クロスしています。
話は、MeltyBloodから十数年後、シオンが再び、三咲町に訪れることから始まります。
全体的に、夜、静か、といった形容が似合う文章で、戦闘シーンなども多少ありますが、しかし、その雰囲気を崩すことがありません。
空色の月の、続編のような話。といっても、パプルズから読み始めても、とても楽しめます。
ただ、前提となる設定が、設定だし（ネタバレ）、話に動きも余りないため、あわない人には、かなりあわない作品だと思います（コンセプト自体が、「嵌ったら大ダメージ」だったらしいし）。

もう一つ、川上稔さん（どんな人だかは、もちろん分かりますよね？）のＨＰ
VIRTUAL-CITYの中の日記で書かれていた、「LoV」（日記のカテゴリ、「僕の考（略」、で読めます。）
とあるゲームを、小説化した物なんですが、話を読んでいると、「これって、二次創作だよな？」と言いたくなってくるような感じで、原作とは、芸風が違います。というか、未だに自分が勘違いしているのかと、疑っています。
・・・主人公の肌と言い、時間の鍵と言い、やっぱりあれのことだよね？

Night Talkerのよろず小ネタ掲示板の『錬金術師は魔法使い！？』がお勧めです。
まだ始まったばかりですけど、先が楽しみな作品ですね。

私のオススメは「十三式大回転」の「ギルガメッシュルート」ですね。
ギルガメッシュが生き残ってたら……？の桜ルートと見せかけてアサシンとギルガメッシュが最高に格好良いですね。
いや、何度見てもいい。

「幻想遊技施設」にあるヨグさんの「Beautiful Dreamer」がオススメ。
MOON.とONEとKanonのキャラを使って、うる星やつらの映画ビューティフルドリーマー（押井守監督作品）を再構成……という、激しく読者を選ぶSSだが、名作。

一次創作ですが「拷問部屋」にある「鮮血の城塞」と「鮮血の日記帳」をお勧めします。
この小説、ＨＰ名とタイトルから分かると思いますが、拷問をテーマに、至極鮮明に描いた作品です。
よって、そういうのに嫌悪感を感じる方は絶対に見ない方がいいです。

ちなみに、お勧めした理由は主人公が好きだからです。
感情がないわけではないけれど、表に出すのが苦手な主人公が内心では嫌々ながら拷問を手伝っていくその様子がたまりません！
もし、拷問に興味がある方は是非一度読んでみて下さい。

DQ3の二次創作『I×U』というHPにある作品がおすすめです。
ネット小説としては一見読みにくい？と思いましたが、
一度取り掛かってみるとすいすい読めます。
読むほどに心地よく感じる綺麗な文体です。
秘密の多いキャラが多いですが、総じて魅力的な人物が登場します。
落着いたシリアスものを求める人におすすめします。

http://ixu.ehoh.net/　リンクフリーです。

ゼロの奇妙な使い魔まとめにあるＤＩＯが使い魔！？がお勧め。
原作よりちょっと性格の悪いルイズがＤＩＯ様を召喚したことにより、さらに性格が悪なっていく話。
誰もが知っているであろうジョジョ３部とのクロス。

あの作品のキャラがルイズに召喚されました＠ウィキにある虚無の唄もお勧め。
魔法の練習中に起こった事故により五感に異常をきたし、そのことで周囲から孤立していくルイズが、サモン・サーヴァントで召喚した一人の少女に救われる話。
十八歳以上しか知らないであろう沙耶の唄という究極のラブストーリーとのクロス。


どちらも面白い作品だが、グロテスクな表現があり原作主要キャラが死んだりするので(特に下)そういうのが駄目な人はやめといたほうがいいだろう。

NYさんの「草莽書き行く」のサモンナイト長編、てか全部
性格改変系が多い（というかほとんど）なので原作のようないい人な性格の主人公がいいという人には向かないけど平気な人にはぜひ読んで欲しい

電撃文庫の川上稔著都市シリーズ全部。
特にエアリアルシティと奏（騒）楽都市OSAKA。

「油断大敵大胆不敵」のblog「だなぶろ」内「ROプレイヤー鋼錬を往く」
サイト自体は女性向よろず同人ですが上記作品にはBL臭はなし。
現実（廃人ROプレイヤー）発RO経由（鍛えたキャラのスキルのみ）ハガレン行き（ハボック憑依）というどう考えても読むヒト選ぶ内容ですが、小市民的な思考のハボックとオリキャラの上司＆部下たちが面白いです。
現在、未だ原作以前。

サイト名：ギルディニア英雄伝記
作品名　：ギルディニア英雄伝記
ジャンル：中世ファンタジー

内容：いわゆる戦記物ですが、作者がリアルにこだわっているので、主人公補正などのご都合主義を極力排除した物語になっており、作中には結構生々しい描写があったりする。
しかし、それが他のファンタジー作品とは一風違った味を出していて、嘘ではない現実味を感じさせてくれる。

当然万人受けをするような作品ではないのだが、個人的にはオススメなので紹介させてもらう。

蒼天。営業中にある
Fate/HF
聖杯戦争が始まり数日が過ぎた頃
士郎は綺礼に呼び出され一つの事を告げられる
それは、今回の聖杯戦争に期限を設ける
その期限はたった一晩という衝撃的なものだった
そしてさらに綺礼は士郎に対しもう一つ信じられないルールを提示した

こんな内容の再構築もの

第４話で
迫り来る圧倒的な脅威に一人で立ち向かうアーチャーを助けるために
自らその脅威の前に出て行く士郎は凄いと思った

[サイト名]　：ハーメルン - SS･小説投稿サイト-
[作者名]　　：TYPE-HAMELN
[タイトル名]：沙条愛歌に憑依物語
[元ネタ]　　：Fate/
[作品の概要]：Fate/の世界で沙条愛歌という女性に憑依転生する作品。
主人公が全知全能の存在に憑依してその力を十全に発揮しようと暗躍する。
最強の存在に憑依しているにも関わらず自身の安全を重視している。
目的のためには手段を選ばない。「無双」系が好みの方におすすめ。