随分と昔、ナデシコを知らない頃、そのサイトの別作品を読んでいて偶然ナデシコ作品をみた記憶がありまして、今になってちゃんと読んでみたいと思ったのですが、覚えているのが、

・逆行？アキトは若干位の高い人。現在のアキトもいる。逆行？アキトは色々と改変する為に頑張っている。（例：アキトとユリカをくっつけない）
・ユリカをナデシコから追い出す？
・色々あってガイ生存。
・昔の感覚を思い出す？とか何とかで何も感じられない部屋に居続ける？という鍛錬っぽいものをする。
・ルリやラピスとか誰が相手か以前に恋愛系統の物語ではない。というかもしかしたらＢＬだったかもしれない。

というかなりあやふやなものでして、どれほど探しても見つからず、せめてサイトだけでも思い出したいのですが、どうしても思い出せません。

ですので、どうか情報をよろしくお願いいたします。

サイトはおそらく「螺旋階段転落中」だと思いますが、消滅しています。
この作者さん（威）は現在pixivに作品を移転中です。

消失したサイトに載せていた「指定の台詞で30のお題」に含まれていた機動戦艦ナデシコとFateのクロスオーバー作品（おそらくこれがお求めの作品）は現時点で2話移動済みです。

作品名：【Fate槍弓】啼けよアイリス・アポロ１【ナデシコ】
　　　　【Fate槍弓】啼けよアイリス・アポロ２【ナデシコ】
おっしゃるとおりBLです。Fate側は槍弓、ナデシコ側はアカツキ×逆行アキト。但しpixivに移った分の話では、まだその辺は詳しく書かれていません。

きちんと思い出せました。
ありがとうございます！